Bienvenu à tous et toutes dans la fabuleuse Académie Cross, une école privée qui a été totalement reconstruite après une grande bataille entre vampires et hunters. Cette école possède deux classes, la Day Class qui comme son nom l'indique, feront cours le jour ainsi que la Night Class qui feront cours la nuit. Certains élèves de la Day Class ont tout oublié dans cet étrange évènement grâce aux pouvoirs des vampires et/ou à la magie des Hunters, mais d'autres n'ont pas voulu oublier cette bataille et ont préféré fermer les yeux en continuant leur vie d'étudiant normalement. Faisons un petit résumé de ce qui s'est passé bien avant tout cela.

L'histoire a commencé lors d'un soir d'hiver où la petite Yuuki âgé de cinq ans s'était fait attaqué par un monstre ayant les yeux rouges comme le sang, et ses crocs allongés et pointu... c'était un vampire. Alors qu'elle était sur le point de se faire mordre par celui-ci, elle fut miraculeusement sauvé par une autre personne, un autre vampire mais "un gentil vampire". Son nom est Kaname Kuran, un vampire de Sang Pur, c'est lui qui a guidé la jeune fille au Directeur Kurosu (Cross) et qui l'a élevé pendant de longues années, parfois, ils recevaient la visite de Kaname ce qui rendait la petite Yuuki très heureuse au point qu'elle en était tombée amoureuse. Jusqu'au jour où Zero a fait son arrivé, c'est le Directeur qui l'a retrouvé et ramené chez lui. Le jeune garçon appartenait à une famille de Hunter mais celle-ci a été assassiné par un vampire du même rang que Kaname Kuran et son frère jumeau a disparu avec le vampire sans laisser de trace. Yuuki a décidé de prendre soin de Zero comme si c'était son propre frère ne sachant pas que celui-ci avait été mordu et allait devenir à son tour un vampire...

Puis finalement, Yuuki et Zero sont devenus les chargés de disciplines ainsi qu'élèves de la Day Class, sont là afin de maintenir l'ordre dans l'Académie et faire respecter le règlement. Avant tout cela, ils étaient les seuls y comprit le Directeur à savoir que les élèves de la Night Class étaient pratiquement tous des vampires et la vie dans cette établissement était paisible...

Mais aujourd'hui, tout à changé. Yuuki a retrouvé ses souvenirs avant ses cinq ans, ainsi que sa véritable origine. Elle est la soeur de Kaname, une vampire de sang pur mais aussi sa fiancée. Elle a quitté l'Académie pour vivre aux côtés de son frère. Zero continu d'aller à l'école mais ne vit plus au Pavillon du soleil à cause de sa soif de sang... Mais comment va réagir Zero quand Yuuki et Kaname feront leur grand retour à l'Académie ?